L'articolazione della FSE persegue, come sua specificità, l'unità organica della ricerca e delle discipline relative all'educazione.
Per l'attuazione dei suoi compiti di docenza e di ricerca la FSE si articola nei seguenti Istituti e Centri:

Istituto di Teoria e Storia dell’Educazione e della Pedagogia
Vojtáš Michal Dir.
Casella Francesco
Nanni Carlo
Prellezo José Manuel

Istituto di Metodologia Didattica e della Comunicazione Sociale  - sito
Grzadziel Dariusz, Dir.
Bay Marco
Comoglio Mario
Melogno Sergio
Pellerey Michele

Istituto di Catechetica
Pastore Corrado, Dir.
Montisci Ubaldo
Moral de la Parte José Luis
Romano Antonino

All'interno dell'Istituto si collocano:
Osservatorio Catechistico Internazionale - sito
Rivista di Pedagogia Religiosa - sito

Istituto di Metodologia Pedagogica
Vettorato Giuliano, Pro-Dir.
Busnelli Francesca Romana
Cursi Giancarlo

Istituto di Pedagogia vocazionale
Gahungu Méthode Dir.
Roggia Giuseppe,
Llanos Mario

Istituto di Psicologia dell’Educazione - sito
Dellagiulia Antonio, Dir.
Colasanti Anna Rita
Crea Giuseppe
De Luca Maria Luisa
De Nitto Carla
Formella Zbigniew
Gambini Paolo
Mastromarino Raffaele
Messana Cinzia
Schietroma Sara
Tognacci Stefano

Istituto di Sociologia
Vettorato Giuliano, Dir.
Malizia Guglielmo
Mion Renato


Centro di Consulenza Psicopedagogica - sito
Gambini Paolo, Dir.
Busnelli Francesca Romana
Dellagiulia Antonio
Messana Cinzia
Melogno Sergio

Centro Studi don Bosco - sito
Gestito insieme con la Facoltà di Teologia.
Per la FSE: Vojtáš Michal, Dir. e Casella Francesco

Osservatorio della gioventù - sito
Vettorato Giuliano, Dir.
Cursi Giancarlo
Romano Antonino

Scuola Superiore di Specializzazione in Psicologia Clinica - sito
Messana Cinzia, Dir.